استادیار گروه مهندسی نفت و زمین انرژی، دانشگاه امیرکبیر، تهران، ایران
چکیده
زمینه و هدف: سویه ایرانی MJ01 توانایی تولید سورفکتین دارد، اما ظرفیت ژنومی آن برای کاربرد در شرایط شور مخزن به بررسی بیشتری نیاز دارد. هدف این مطالعه، ارزیابی جایگاه ژنومی MJ01 و مقایسه ژن‌های مرتبط با سازگاری اسمزی و زیست‌سنتز و تنظیم سورفکتین بود. روش‌ها: ژنوم MJ01 با سویه‌های مرتبط با محیط نفتی DM2 و RI4914، سویه تیپ Bacillus spizizenii TU‑B‑10 و سویه مرجع Bacillus subtilis 168 مقایسه شد. ویژگی‌های مونتاژ، حاشیه‌نویسی، خویشاوندی ژنومی و خوشه‌های ژنی زیست‌سنتزی با QUAST، Bakta، FastANI، TYGS و antiSMASH بررسی شدند. مجموعه‌ای از ۳۵ ژن مرتبط با حفاظت اسمزی، هم‌ایستایی پتاسیم، پاسخ به تنش و تنظیم سورفکتین، همراه با پروتئین‌های SrfAA تا SrfAD، با BLASTP و هم‌ترازی نوکلئوتیدی هدفمند ارزیابی شد. یافته‌ها: مقدار ANI میان MJ01 و TU‑B‑10 برابر ۹۹٫۱۱ درصد و مقدار dDDH حاصل از فرمول d4 برابر ۹۳٫۴ درصد بود. در MJ01، تعداد ۳۳ ژن از مجموعه ۳۵ ژنی در گروه کامل و حفاظت‌شده قرار گرفتند و opuCD پوشش تقریباً کامل داشت. پروتئین‌های SrfAA تا SrfAD در مقایسه با TU‑B‑10 دارای هویت ۹۹٫۰۶ تا ۹۹٫۶۹ درصد و پوشش ۱۰۰ درصد بودند. جایگزینی کدون TTA با TGA در توالی موجود comA، توقف زودرس در کدون ۵۳ را پیش‌بینی کرد. هویت پروتئین ComP نسبت به همتای آن در TU‑B‑10 برابر ۵۶٫۰۵ درصد بود. در MJ01، تعداد ۱۲ ناحیه زیست‌سنتزی، از جمله ناحیه مشابه خوشه سورفکتین، پیش‌بینی شد. نتیجه‌گیری: در مجموعه بررسی‌شده، شواهدی از فقدان گسترده ژن‌های حفاظت اسمزی در MJ01 به‌دست نیامد. حفاظت اجزای زیست‌سنتزی سورفکتین و تغییر پیش‌بینی‌شده comA، بررسی تنظیم این مسیر را برای مطالعات بعدی مطرح می‌کنند. شواهد ژنومی نیز از انتساب MJ01 به B. spizizenii حمایت می‌کنند. پیامد عملکردی این یافته‌ها برای تحمل شوری و تولید سورفکتین به تأیید مستقل نیاز دارد.
رضایی، آرزو. (1405). باز ارزیابی جایگاه ژنومی سویه ایرانی MJ01 و مقایسه ژن های مرتبط با تحمل شوری و تنظیم زیست‌سنتز سورفکتین در سویه‌های مرجع و مرتبط با محیط‌های نفتی جنس Bacillus. (e255033). مجله مطالعات علمی فرآورده‌های زیست طبیعی، ()، e255033
MLA
رضایی، آرزو. "باز ارزیابی جایگاه ژنومی سویه ایرانی MJ01 و مقایسه ژن های مرتبط با تحمل شوری و تنظیم زیست‌سنتز سورفکتین در سویه‌های مرجع و مرتبط با محیط‌های نفتی جنس Bacillus" .e255033 ، مجله مطالعات علمی فرآورده‌های زیست طبیعی، ، 1405، e255033.
HARVARD
رضایی، آرزو. (1405). 'باز ارزیابی جایگاه ژنومی سویه ایرانی MJ01 و مقایسه ژن های مرتبط با تحمل شوری و تنظیم زیست‌سنتز سورفکتین در سویه‌های مرجع و مرتبط با محیط‌های نفتی جنس Bacillus'، مجله مطالعات علمی فرآورده‌های زیست طبیعی، (), e255033.
CHICAGO
رضایی، آرزو، "باز ارزیابی جایگاه ژنومی سویه ایرانی MJ01 و مقایسه ژن های مرتبط با تحمل شوری و تنظیم زیست‌سنتز سورفکتین در سویه‌های مرجع و مرتبط با محیط‌های نفتی جنس Bacillus." مجله مطالعات علمی فرآورده‌های زیست طبیعی، (1405): e255033,
VANCOUVER
رضایی آرزو. باز ارزیابی جایگاه ژنومی سویه ایرانی MJ01 و مقایسه ژن های مرتبط با تحمل شوری و تنظیم زیست‌سنتز سورفکتین در سویه‌های مرجع و مرتبط با محیط‌های نفتی جنس Bacillus. Nat Bioprod J. 1405;():e255033 (In English).
